Den veränderten Gemeindestrukturen trägt man in den 90ern dadurch Rechnung, dass es endlich gelingt, für den Mühldorfer Gemeindeteil ein den Bedürfnissen genügendes Gemeindehaus zu errichten. Insbesondere Pfr. Markus Herrgen, Nachfolger von Pfr. Remus, setzt sich dafür ein.

Doch auch der Ampfinger Gemeindeteil bleibt in seiner Entwicklung nicht stehen. Seit 1995 ist Ampfing eine eigene Pfarrstelle. Die Gemeindearbeit für ca 1700 Gemeindeglieder findet in einer angemieteten Wohnung statt. Das ist besser als nichts, aber ideal ist es nicht.

Seit dem Jahr 2000 kümmert sich daher ein Kirchenbauverein gemeinsam mit dem Kirchenvorstand darum, dass es gelingt, trotz der angespannten Finanzlage möglichst bald eine eigene Heimat für die Evangelischen in Ampfing, Schwindegg und Umgebung zu schaffen.

Im Jahr 2006/2007 wurde der langgehegte Wunsch der Ampfinger nach einer eigenen Kirche Wirklichkeit. Nachdem am Himmlfahrtsfest 2006 der Grundstein gelegt wurde, konnte am 1. Februar 2007 die Immanuelkirche in Ampfing eingeweiht werden.

Schon bald etabliert sich ein lebendiges Gemeindeleben in den neugeschaffenen Räumen, die neben einem großen Kirchenraum ( der auch als Gemeindesaal genutzt wird) auch weitere Gemeinderäume, eine Sakristei und eine kleine Teeküche beherbergt.

Eine Besonderheit der Immanuelkirche ist, dass sie die wohl erste Passivhauskirche in Deutschland ist. Für diese Pionierleistung bekommen der Architekt der Kirche – Dieter-Lothar Adam – und die Kirchengemeinde den EON-Umweltpreis 2008 zugesprochen.