Schaut man auf die Zahlen, die Bürkstümmer damals zu versorgen hat, gerät man ins Staunen: Zu den 1450 Gemeindegliedern kommen 2500 Aussiedler aus Bessarabien, 200 Hamburger Kinder, denen Konfirmandenunterricht zu erteilen ist. Im September 1943 befinden sich zudem ca. 950 evangelische Kinder aus München und Westfalen im Gemeindegebiet. Dazu kommen die evangelischen Gemeindegleider in Töging ( ca. 300) und Kraiburg Aschau (ca. 200). All dies geschieht unter den damaligen Bedingungen der sehr eingeschränkten Mobilität.

Am 19. März 1945 wird Mühldorf Opfer eines verheerenden Bombenangriffes. Dieser betrifft, wegen der Bahnnähe, vor allem die obere Stadt, wo sich auch die evangelische Kirche befindet. Sie wird durch das Bombardement zerstört.
Aber was bedeutet das schon. Gebäude lassen sich wieder aufbauen. 129 Menschenleben jedoch sind unwiederbringlich verloren. Unter Ihnen sind auch einige Insassen des Lagers Mettenheim, eines Außenlagers des KZ Dachau. Das Grauen des Krieges und der Menschenverachtung hat Mühldorf in Gestalt dieses Lagers schon lange erreicht. Nun trifft es auch unschuldige Menschen aus dem Volk der Verursacher.

Nach dem Kriegsende muss sich die Gemeinde auf Herbergssuche begeben. der Zufall will es, dass sie eine Unterkunft zunächst im selben Gebäude findet wie 1875: Im Gasthaus Stadt Mühldorf, vormals Hotel Schwan.