Die Abberufung Gollwitzers bedeutet keinesfalls, dass die Gemeinde nun zur Ruhe kommt. Von Seiten der DC wird Ludwig Wolf, ein DC-Mann aus Thüringen, nach Mühldorf geschickt. Die bayerische Landeskirche stellt ihm zunächst den damaligen Vikar und späteren Oberkirchenrat Lanzenstiel gegenüber, später übernehmen der Neuöttinger Vikar Siegfried Büttner und darauf Vikar Herrmann Guttmann diese Aufgabe.

Guttmann amtiert zunächst, offensichtlich neben Wolf, in Mühldorf. Doch er kann sich hier nicht halten und wird dann Nachfolger von Büttner in Neuötting.
Noch heute gibt es Familien in der Gemeinde, die sich daran erinnern, dass sie damals zu Guttmann nach Neuötting in den Konfirmandenunterricht gehen, da sie mit Wolf nichts zu tun haben wollen.

In Mühldorf selbst kommt in der Folgezeit das Gemeindeleben immer mehr zum erliegen. Die Kirchenaustritte nehmen zu. Als auf Wolf, der 1940 eingezogen wird, der DC – Vikar Schwarz folgt, löst sich das Gemeindeleben vollends auf.

Schließlich gelingt es, Mühldorf mit dem landeskirchlichen Pfarrer – und ebenfalls späteren Oberkirchenrat – Herrmann Bürkstümmer zu besetzen.

Bis 1942 hält sich noch eine kleine DC – Fraktion in der Gemeinde, die von München aus versorgt wird. Doch werden die „Gottesdienste“ der DC in dieser Zeit schon nicht mehr in der Kirche, sondern in verschiedenen Gaststätten abgehalten.